Do quá trình chăn nuôi, gieo trồng, sản xuất thực phẩm, lương thực
* Thực phẩm có nguồn gốc từ gia súc, gia cầm bị bệnh hoặc thủy sản sống ở nguồn nước bị nhiễm bẩn.
* Các loại rau, quả được bón quá nhiều phân hóa học, sử dụng thuốc trừ sâu không cho phép hoặc cho phép nhưng không đúng về liều lượng hay thời gian cách ly. Cây trồng ở vùng đất bị ô nhiễm hoặc tưới phân tươi hay nước thải bẩn. Sử dụng các chất kích thích tăng trưởng, thuốc kháng sinh.
Do quá trình chế biến không đúng
* Quá trình giết mổ, chế biến gia súc, gia cầm, quá trình thu hái lương thực, rau, quả không theo đúng quy định.
* Dùng chất phụ gia không đúng quy định của Bộ Y tế để chế biến thực phẩm.
* Dùng chung dao thớt hoặc để thực phẩm sống với thực phẩm chín.
* Dùng khăn bẩn để lau dụng cụ ăn uống.
* Bàn chế biến thực phẩm, bàn ăn hoặc dụng cụ ăn uống nhiễm bẩn. Không rửa tay trước khi chế biến thực phẩm, nhất là khi chuẩn bị thực phẩm cho trẻ em.
* Người chế biến thực phẩm đang bị bệnh truyền nhiễm, tiêu chảy, đau bụng, nôn, sốt, ho hoặc nhiễm trùng ngoài da.
* Rửa thực phẩm, dụng cụ ăn uống bằng nước nhiễm bẩn.
* Nấu thực phẩm chưa chín hoặc không đun lại trước khi ăn.
Do quá trình sử dụng và bảo quản không đúng
* Dùng dụng cụ sành sứ, sắt tráng men, nhựa tái sinh … bị nhiễm chất chì để chứa đựng thực phẩm.
* Để thức ăn qua đêm hoặc bày bán cả ngày ở nhiệt độ thường; thức ăn không được đậy kỹ, để bụi bẩn, các loại côn trùng gặm nhấm, ruồi và các động vật khác tiếp xúc gây ô nhiễm.
* Do thực phẩm bảo quản không đủ độ lạnh hoặc không đủ độ nóng làm cho vi khuẩn vẫn phát triển.