Ngày xưa ở quận Cao Bình có đôi vợ chồng, tuổi đã già mà chưa có con. Nhà nghèo, hàng ngày họ phải lên rừng chặt những bó củi về đổi lấy gạo sống qua ngày. Vợ chồng họ thường làm các việc như đắp đường khơi cống, đỡ đần người già kẻ yếu mà không nề hà gì cả, tư lợi gì.
Cảm động về sự tốt bụng, thiện nghĩa của vợ chồng già, Ngọc Hoàng bèn cử thái tử xuống đầu thai làm con. Từ đó người vợ có thai, nhưng mấy năm trôi qua bà vẫn chưa sinh nở. Giữa khi ấy, người chồng lâm bệnh mất. Sau đó người vợ sinh được một bé trai khôi ngô, tuấn tú và đặt tên là Thạch Sanh.
Vài năm sau thì mẹ mất, Thạch Sanh sống một mình trong túp lều cũ dưới gốc đa với cái búa đốn củi duy nhất mà cha để lại. Năm Thạch Sanh bắt đầu biết dùng búa, Ngọc Hoàng phái tiên ông xuống dạy cho đủ các môn võ nghệ và mọi phép thần thông cho chàng.
Một hôm có người hàng rượu tên Lý Thông đi bán rượu ghé qua ngồi nghỉ ở gốc đa. Thấy Thạch Sanh khỏe mạnh, thật thà lại ở một mình, liền kết gạ kết nghĩa làm anh em và đưa Thạch Sanh về nhà.
Lúc bấy giờ ở vùng có một con chằn tinh thường bắt người ăn thịt, quan quân nhiều lần vây đánh không được. Vì nó có phép thần thông biến hóa, người dân phải cho lập miếu thờ và mỗi năm nộp mạng một người cho nó.
Năm ấy đến lượt Lý Thông phải nộp mình. Mẹ con Lý Thông nghe tin hoảng hốt, bàn mưu tính kế đưa Thạch Sanh đi thế mạng. Khi Thạch Sanh đi lấy củi về, Lý Thông đon đả mời chàng uống rượu và nói:
- Ðêm nay anh phải đi canh miếu thờ trong rừng, nhưng trót cất mẻ rượu, anh đi sợ hỏng, nhờ em thay anh canh miếu một đêm.
Thạch Sanh vui vẻ nhận lời và đi ngay.
Đêm đó Thạch Sanh đang lim dim ngủ thì chằn tinh giơ vuốt, nhe răng hà hơi, nhả lửa, định xông vào miếu ăn thịt chàng. Thạch Sanh bình tĩnh trổ tài đánh nhau với Trăn Tinh, cuối cùng chàng chém được đầu nó, đốt xác nó thành than. Sau đó thấy trong miếu một bộ cung tên bằng vàng ngời sáng. Thạch Sanh mừng rỡ giắt búa, đeo cung và xách đầu chằn tinh đi thẳng về nhà.
Nghe tiếng Thạch Sanh gọi cửa, mẹ con Lý Thông hoảng sợ, nghĩ oan hồn của em kết nghĩa trở về sau khi bị chằn tinh ăn thịt, bèn quỳ lạy van xin:
- Sống khôn, thác thiêng em hãy tạm đi, ngày mai mẹ cùng anh sẽ mua sắm vàng hương, cơm canh, cỗ bàn cúng em chu tất!
Khi Thạch Sanh vào nhà kể cho nghe câu chuyện giết chằn tinh, mẹ con hắn mới hoàn hồn. Lý Thông liền nảy ra một mưu thâm độc mới. Hắn nói với Thạch Sanh rằng:
- Con trăn ấy là của vua nuôi đã lâu. Nay em giết nó, tất không khỏi bị tội chết. Thôi bây giờ nhân trời chưa sáng em hãy trốn ngay đi. Có chuyện gì để mặc anh ở nhà lo liệu!
Tin lời mẹ con Lý Thông, Thạch Sanh trở về gốc đa năm xưa sống còn Lý Thông thì đem thủ cấp của yêu quái đến Kinh tâu vua rằng mình đã hạ thủ được chằn tinh. Vua khen ngợi và phong hắn làm Đô đốc quận công.
Lúc đó công chúa Quỳnh Nga - con vua hồi đã đến tuổi lấy chồng. Nhưng nàng vẫn chưa chọn được người nào xứng đáng. Hoàng tử các nước cũng có nhiều người sai sứ đến hỏi công chúa làm vợ nhưng nàng không một ai. Cuối cùng, vua cha quyết định tổ chức ngày hội kén rể lớn cho hoàng tử các nước láng giềng và các chàng trai trong thiên hạ tới dự, tại đây công chúa sẽ ném quả cầu may từ trên lầu cao, hễ quả cầu rơi trúng vào người nào thì nàng sẽ lấy người ấy làm chồng.
Nhưng khi công chúa sắp sửa ném quả cầu thì bỗng có con đại bàng lớn bay qua trông thấy. Đại bàng nguyên là một con yêu tinh ở trên núi có nhiều phép thần dị. Thấy công chúa xinh đẹp, nó liền sà xuống bất thình lình cắp nàng đi.
Lúc đó Thạch Sanh đang ngồi dưới gốc đa. Tình cờ thấy Đại bàng bay qua, chân quắp một người, sẵn cung tên chàng bắn theo một phát. Mũi tên trúng cánh Đại bàng. Nó đau quá phải hạ xuống cắn răng nhổ mũi tên đi rồi lại tha công chúa về hang. Thạch Sanh lần theo vết máu, tìm được chỗ ở của quái vật.
Công chúa Quỳnh Nga mất tích, nhà vua đau đớn, vội sai đô đốc Lý Thông đi tìm, hứa sẽ gả công chúa và truyền ngôi cho. Vừa mừng vừa sợ, Lý Thông không biết tính thế nào. Cuối cùng hắn nghĩ, chỉ có người em kết nghĩa cũ họa may có thể gỡ bí cho mình.
Hắn bèn một mặt cho quân lính đi khắp nơi dò hỏi, mặt khác truyền cho nhân dân mở hội hát xướng mười ngày để nghe ngóng tin tức Thạch Sanh. Nhưng tám chín ngày trôi qua mà vẫn chưa có tin gì mới mẻ. Mãi đến ngày thứ mười, hắn mới tìm thấy Thạch Sanh trong đám người đi xem hội.
Thấy Lý Thông nói đến việc tìm công chúa, Thạch Sanh thật thà kể chuyện mình bắn Đại bàng cho người anh kết nghĩa nghe. Lý Thông vui mừng, lập tức nhờ chàng dẫn đường cho quân sĩ đến sát hang đá. Cửa hang động ăn thông xuống đất sâu thăm thẳm không một ai dám xuống. Thạch Sanh liền xung phong, tình nguyện buộc dây ở lưng cho người dòng xuống hang thám thính.
Đại bàng từ hôm bị thương về nằm liệt một nơi, bắt công chúa phục dịch. Thạch Sanh xuống đến nơi ẩn vào một xó, chờ lúc công chúa một mình đi qua, mới ra hiệu cho nàng biết. Thấy người trai lạ kia liều chết cứu mình, công chúa vừa ngạc nhiên vừa hết sức cảm phục.
Thạch Sanh lấy thuốc mê bảo nàng cho đại bàng uống. Chờ lúc đại bàng ngủ say, chàng buộc công chúa ở đầu dây ra hiệu cho quân của Lý Thông kéo lên. Chàng đang chờ đến lượt mình lên thì không ngờ Lý Thông đã ra lệnh cho quân sĩ vần đá lớn lấp kín cửa hang động lại, rồi kéo nhau về.
Thạch Sanh không thoát ra được khỏi hang, chàng tức giận vô cùng. Chàng đập phá khắp nơi để kiếm lối thoát. Đúng lúc đó đại bàng tỉnh dậy. Thấy có người lạ, lại thấy mất công chúa, hắn bừng bừng nổi giận xông ra toan giết Thạch Sanh. Thạch Sanh cũng giở phép màu chống lại rất kịch liệt.
Đại bàng bị thương sẵn nên chả mấy chốc đã chuốc lấy thất bại. Sau khi giết chết con yêu tinh, Thạch Sanh đi lục lọi khắp mọi nơi. Thấy có một người con trai bị nhốt trong cũi sắt, chàng hỏi ra mới biết đó là thái tử con vua Thủy.
Cách đây hơn một năm, thái tử đi du ngoạn, tình cờ bị đại bàng bắt đem về nhốt lại ở đây. Thạch Sanh liền dùng cung vàng bắn tan cũi sắt cứu thái tử ra. Thái tử thoát nạn hết lời cảm tạ chàng và mời chàng xuống chơi Thủy phủ.
Vua Thủy sung sướng được gặp lại con, lòng rất biết ơn Thạch Sanh. Vua đãi chàng rất hậu và khi chàng về, vua tống tiễn thật nhiều vàng ngọc nhưng Thạch Sanh không nhận, chỉ xin có mỗi một cây đàn. Thế rồi, chàng lại trở về gốc đa sinh nhai bằng nghề cũ.
Chằn tinh và đại bàng sau khi chết, hồn chúng nó không được ai cúng tế, đành đi lang thang để kiếm ăn. Một hôm chúng tình cờ gặp nhau và mỗi bên kể cho nhau biết vì đâu gặp phải số phận long đong. Sau đó lên kế hoạch hãm hại Thạch Sanh.
Chúng lẻn vào kho vua ăn trộm của cải mang tới chôn ở gốc đa để vu vạ cho chàng. Quả nhiên sau đó bọn nội thị cứ theo dấu đi tìm, đến gốc đa thì bắt được tang vật. Thạch Sanh liền bị bắt.
***
Công chúa sau khi được Lý đưa về cung thì tự nhiên hóa câm. Suốt ngày mặt hoa rầu rĩ không nói không cười. Vua đành hoãn việc cưới xin và bảo Lý Thông lập đàn cầu nguyện cho nàng mau khỏi bệnh. Lý Thông bèn cho mời các pháp sư có đủ phép thuật cao cường về cúng cầu, nhưng cầu mãi vẫn không ăn thua.
Công chúa ngày ngày ngồi im lặng khiến Lý Thông sốt ruột hơn. Giữa lúc đó thì Thạch Sanh bị bắt và thuộc quyền hắn xét xử. Lý Thông không ngờ người mà hắn cố ý hãm vào chỗ chết lại vẫn sống. Hắn nghĩ: - "Nếu để nó sống, nó sẽ giành mất công ta và tố cáo ta". Vì thế Lý Thông quyết định khép Thạch Sanh vào tội chết.
Ngồi trong ngục, Thạch Sanh buồn rầu đem đàn của vua Thủy cho ra gảy, không ngờ đấy chính là cây đàn thần, tiếng văng vẳng phát ra lúc này như oán, như than, như tức, như bực. Càng gảy tiếng đàn càng trách sự hững hờ của công chúa và vạch tội ác của Lý Thông.
Tiếng đàn thoát khỏi nhà ngục và truyền đi rất xa. Nó bay vào hoàng cung, lọt vào tai công chúa. Bấy giờ công chúa đang ngồi trên lầu. Vừa nghe tiếng đàn, tự nhiên nàng đứng dậy cười nói huyên thuyên. Câu đầu tiên của nàng là xin vua cha cho gọi người gảy đàn vào cung.
Nhà vua vui mừng và thấy lạ, liền gọi Thạch Sanh đến. Trước mặt mọi người, chàng kể hết đầu đuôi thân phận của mình từ lúc mồ côi cha mẹ đến lúc kết bạn với Lý Thông: nào chém Chân tinh, bắn Đại bàng, nào cứu công chúa, bị lấp cửa hang, nào cứu con vua Thủy Tề và bị bắt đến đây...
Vua và hoàng gia cùng nghe càng thương cảm. Vua sai bắt giam hai mẹ con Lý Thông lại giao cho Thạch Sanh xét xử. Chàng rộng lượng tha cho chúng về quê nhà làm ăn. Nhưng đi về được nửa đường thì chúng bị sét đánh chết.
Nhà vua vui lòng gả công chúa cho Thạch Sanh. Lễ cưới của họ tưng bừng nhất kinh kỳ, chưa bao giờ vui đến như thế. Thấy vậy, hoàng tử các nước chư hầu trước kia bị công chúa từ hôn lấy làm tức giận. Họ hội họp binh lính cả mười tám nước lại, sang hỏi tội vua tại sao lại đem con gái cành vàng lá ngọc gả cho kẻ tầm thường?
Nhưng khi nghe tiếng đàn thần thánh thót của Thạch Sanh, tự nhiên quân sĩ của mười tám nước không còn ý chí đánh trận nữa. Cuối cùng hoàng tử các nước đều nhất tề cuốn giáp. Thạch Sanh sai quân lính dọn cơm cho họ ăn. Cả mấy vạn quân sĩ thấy niêu cơm quá nhỏ, ai nấy bĩu môi không buồn cầm đũa. Biết ý, chàng đố họ ăn hết được niêu cơm sẽ trọng thưởng. Quả nhiên chúng ra sức ăn mãi, ăn mãi nhưng ăn hết bao nhiêu cơm lại đầy bấy nhiêu. Sau khi ăn no họ rập đầu lạy tạ và kéo nhau về nước.
Về sau vua không có con trai nên nhường ngôi cho Thạch Sanh